水资源开发利用不恰当可能引起的环境问题大体有三类：①地质环境问题；②水环境问题；③生态环境问题。从水、岩、生物相互作用的角度出发，又可归纳为水盐失调、岩土体变形失稳、生态退化等三种环境负效应。

水、盐失调主要指水的量与质发生快速、明显的变化，水量、盐分含量的增多或减少。在自然条件下，水分和盐分在空间和时间上分布是不均匀的，它们以系统的方式存在，具有季节、年份或多年的动态变化，其变动的幅度和周期在宏观上稳定的。尽管在自然演化的过程中，水盐的时空分布格局会随之改变，但变化是及其缓慢的，往往在数百、数千甚至以万年计的时间尺度上才能察觉。然而，在人为活动频繁，尤其是大规模、高强度开发水资源的地区，水、盐的变化常常具有快速、明显的特点。例如修建拦蓄工程会使库区周围地下水位抬升，导致土地沼泽化或盐渍化；跨流域调水会使不同流域的水体形态改变；强烈开采地下水和上游拦截地表水可以造成地区地下水位大幅度下降，导致土壤水的匮乏，使土地沙化；抽取地下水可改变地下水盐分的迁移途径和水化学环境，带来水质恶化等问题。除此之外，水资源开发还有可能改变区域水量和盐量的总平衡。例如河北平原在20世纪60～70年代海河水系的入海水量约20亿m3/a,这些水可将上游区和平原区的盐分带入大海，以保持平原区土壤的盐分总平衡。如今，由于大量拦蓄地表水、过量开采地下水，入海水量已减少到一亿m3/a左右，地表水的排盐功能急剧下降，来自西部太行山区和当地各种生产活动产生的盐分绝大部分因无去路，最终只能积淀在平原区。为解决华北平原水资源短缺问题，“南水北调”工程上马。据估算，该工程年调水300亿m3/a（黄河以北150亿～200亿m3/a），相当于年输入600万t（其中黄河以北300万～400万t），若不充分考虑排盐措施，该工程的实施无疑会加剧河北平原的盐分聚积，给子孙后代留下隐患。